Manga hiện đại khởi nguồn trong những năm từ 1945 đến thập kỉ 60, khi một nước Nhật của chủ nghĩa dân tộc cực đoan và quân phiệt trước đó xây dựng lại cơ sở hạ tầng kinh tế và chính trị.[15] Mặc dù các chính sách kiểm duyệt của chính quyền chịu sự chiếm đóng của Mĩ tuyệt đối cấm những bài viết và các tác phẩm nghệ thuật ca ngợi chiến tranh và chủ nghĩa quân phiệt Nhật Bản, nhưng những chính sách này lại không ngăn cản việc xuất bản những thể loại khác, bao gồm manga. Thêm vào đó, Hiến pháp Nhật Bản năm 1947 (điều 21) ngăn cấm mọi hình thức kiểm duyệt.[16] Dẫn đến một kết quả là sự bùng nổ của các sáng tạo nghệ thật trong thời kỳ này.

Thuộc hàng tiên phong trong giai đoạn này có hai bộ manga và tuyến nhân vật có ảnh hưởng lớn đến lịch sử manga về sau. Đó là các bộ Tetsuwan Atomu của Tezuka Osamu (bắt đầu năm 1951) và Sazae-san của Hasegawa Machiko (bắt đầu năm 1946).

Astro Boy (trong bộ Tetsuwan Atomu) vừa là một robot siêu cường lại vừa là một cậu bé ngây thơ.[17] Tezuka chưa từng giải thích tại sao Astro Boy lại có một ý thức xã hội phát triển cao đến vậy cũng như kiểu lập trình robot nào có thể làm cho cậu ta có trách nhiệm sâu sắc như vậy.[17] Cả hai dường như là bẩm sinh đối với Astro Boy, chúng miêu tả sự nam tính hướng đến xã hội và cộng đồng Nhật, rất khác với sự tôn thờ hoàng đế và phục tùng quân phiệt trong suốt giai đoạn trước đó ở đế quốc Nhật Bản.[17] Astro Boy nhanh chóng giành được (và duy trì) sự hâm mộ rất lớn tại Nhật Bản và nhiều nơi khác, như một biểu tượng và anh hùng của một thế giới mới hòa bình và gạt bỏ chiến tranh, như được viết trong điều 9 của Hiến pháp Nhật Bản.[16][17] Những đề tài tương tự cũng được phát triển trong các tác phẩm "Thế giới mới" và "Thủ đô" của Tezuka.[17]

Tương phản với nó, Sazae-san bắt đầu được vẽ năm 1946 bởi Machiko Hasegawa, một nữ nghệ sĩ trẻ, lại vẽ nên một nữ anh hùng đóng thế cho hàng triệu nam giới Nhật Bản đặc biệt là những người phụ nữa mất nhà cửa do chiến tranh. Sazae-san không có một cuộc sống đơn giản và dễ dàng, nhưng giống với Astro Boy, cô có tinh thần trách nhiệm rất cao, cống hiến không chỉ bên trong mà cả bên ngoài gia đình của mình. Đó là một nữ nhân vật có tính cách mạnh mẽ, gây ấn tượng bởi sự đối lập với các quan niệm đạo đức kiểu Khổng Phu đã được thừa nhận về người phụ nữ, đó là phải nhu mì và phục tùng, làm một người "vợ tốt, mẹ hiền" (ryōsai kenbo - りょうさいけんぼ - 良妻賢母), đã ăn sâu từ chế độ quân phiệt trước đó.[18][19][20] Sazae-san đối mặt với thế giới bằng sự lạc quan,[21] cái mà Kawai Hayao gọi là một "người phụ nữ biết chịu đựng."[22] Sazae-san bán được hơn 62 triệu bản in trong 50 năm sau đó.[23]

Giữa những năm 1950 và 1969, sự gia tăng lượng lớn các độc giả manga ở Nhật Bản đã làm xuất hiện và củng cố hai thể loại chính trên thị trường, shōnen manga nhắm đến nam thanh thiếu niên và shōjo manga nhắm vào nữ thanh thiếu niên.[24] Đến tận năm 1969, shōjo manga vẫn chủ yếu được vẽ bởi các nam nghệ sĩ dành cho các nữ độc giả trẻ tuổi.[25]

Hai bộ manga nổi tiếng và có ảnh hướng lớn của tác giả nam giới dành cho nữ giới trong thời kỳ này là Ribon no Kishi (Kị sĩ ruy-băng, 1953-1956) của Tezuka và Mahōtsukai Sarii (Pháp sư Sally, 1966) của Matsuteru Yokoyama.[26] Ribon no Kishi là câu chuyện về những chuyện phiêu lưu của công chúa Sapphire của một vương quốc giả tưởng được sinh ra với những linh hồn nam và nữ, với những trận đấu kiếm và sự lãng mạn xóa mờ ranh giới với những vai nam cứng rắn khác.[26] Sarii, nhân vật nữ chính, một công chúa chưa đến 10 tuổi, trong Mahōtsukai Sarii,[27] rời nhà ở thế giới pháp thuật để đến Trái Đất sinh sống, đi học, và sử dụng phép thuật giúp bạn bè của cô và các học sinh trong trường.[28] Mahōtsukai Sarii của Yokoyama chịu ảnh hưởng từ phim truyền hình sitcom Bewitched (Bùa mê) của Mỹ,[29] nhưng không giống Samantha, nhân vật chính của Bewitched, một phụ nữ đã kết hôn sống cùng cô con gái, Sarii là một cô bé nhỏ tuổi phải đối mặt với những vấn đề trên con đường trưởng thành. Mahōtsukai Sarii đã giúp tạo nên một nhánh thể loại manga rất phổ biến ngày nay, mahō shōjo hay "cô gái pháp thuật".[28] Cả hai serie manga nói trên đã và vẫn còn nổi tiếng đến tận ngày nay.[26][28]